明朝时期，长江水师的驻守城市主要是淮安。在嘉靖年间，淮安面临倭寇的侵扰，当地设有淮安、大河两个卫所，控制这水师的是“操江都御史”和“操江武臣”，这两个官职一直延续到明朝灭亡，才彻底消失。操江都御史的主要职责是纠察江防部队，其主要的职责就是监督江防军队的纪律和出征时期的军纪，有时候也会审查江上的走私和军队的违法案件。而“操江武臣”，主要就是维护江面上的治安，捉拿走私盐铁和水上的盗贼。明王朝在新江口还设立有水兵，专门负责南京的守卫。所以明朝的江防军队主要是由三股力量组成，分别是卫所军，募兵和民兵武装。卫所军，就是那种世袭的军户，这支力量主要负责是对付的是在江面上讨生活的江盗以及水贼；而地方的民兵，主要是防护靠江水吃饭的百姓的安全；募兵就是所谓的雇佣军，就是靠军

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